Bert Derkx is als kinderarts verbonden aan het Emma Kinderziekenhuis AMC waar hij met name werkzaam is op het gebied van de psychosociale kindergeneeskunde. Hij is daar hoofd van de Psy Med Unit, een integraal werkende unit waarin de werkzame leden kinderen behandelen op het tussengebied van somatiek en psychosociale, psychiatrische problematiek. Daarnaast is hij gedetacheerd bij de Bascule en het Nederlands Psychoanalytisch Instituut (NPI), afdeling Jeugd.

Als interesse gebieden heeft hij ondermeer onbegrepen lichamelijke klachten en de Infant Mental Health. Voor wat betreft de Infant Mental Health is hij actief lid van de regionale werkgroep IMH, een samenwerking tussen het Emma Kinderziekenhuis, het NPI en de Bascule. Deze werkgroep heeft de laatste jaren met name veel expertise ontwikkeld ten aanzien van eetproblemen bij kinderen in de leeftijd van nul tot 36 maanden. Hij neemt binnen deze werkvelden niet alleen deel aan patiëntenzorg maar is ook actief in onderwijs en wetenschappelijk onderzoek. Bert Derkx is tevens kinderpsychoanalyticus io en voert op dat gebied ook een eigen praktijk.